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O Secretariado Técnico tem por missão apoiar tecnicamente o Gestor e a Comissão Directiva no exercício das suas competências. A sua configuração foi estabelecida pela Resolução do Conselho de Ministros n.º 25/2008, de 13 de Fevereiro. O Despacho n.º 25291/2008, de 10 de Outubro, e o Despacho n.º 3006/2010, de 8 de Fevereiro, procedem à nomeação dos secretários técnicos responsáveis pelas áreas que dão corpo à estrutura orgânica do Secretariado Técnico do COMPETE.

A Comissão Directiva do COMPETE assegura ainda a articulação com as Comissões Directivas dos PO Regionais no âmbito dos Sistemas de Incentivos ao investimento empresarial apoiados pelo FEDER, visando a eficácia e uma gestão coordenada, no que respeita nomeadamente à elaboração e aprovação do Plano Anual de Concursos dos Sistemas de Incentivos, à promoção da abertura dos avisos para apresentação de candidaturas, e ao funcionamento da Comissão de Selecção dos Sistemas de Incentivos.

A Autoridade de Gestão do COMPETE é ainda a entidade competente pelo processo de reconhecimento, acompanhamento e avaliação dos Pólos de Competitividade e Tecnologia e Outros Clusters.